دریچه های ورودی، دریچه‌های خروجی و دریچه های برگشت هوای مورد استفاده در اتاق تمیز باید به گونه ای طراحی و ساخته شوند که به خوبی هوابند شده و همچنین بدون درز باشند. دریچه های ورودی هوا باید قادر باشند هوا را به خوبی و در جهت مناسب در اتاق تمیز توزیع نمایند. فیلتر باکس ها در سقف اتاق تمیز کار گذاشته شده و با توجه به نوع کاربرد اتاق تمیز و کلاس اتاق تمیز در آن ها از فیلترهای هپا یا اپا استفاده می گردد. فیلتر باکس ها شامل پلونوم باکس، فیلتر، داکت ورودی و دیفیوزر سقفی می باشند. جنس فیلترباکس معمولا از گالوانیزه با پوشش رنگ الکترواستاتیک و یا استنلس استیل می باشد.